一、兩者依據的法律不同
軟件的著作權保護依據《著作權法》和《計算機軟件保護條例》；軟件的專利保護依據《專利法》，具體審查標準參見國家知識產權局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機程序的發明專利申請審查若干問題”。
二、兩者的保護原則不同
軟件著作權是在軟件創作完成后自動產生的，也是自愿進行軟件著作權登記，登記的目的是體現公證的效力，主要用于聲明著作權權屬，同時使后續維權時的證據力度更大。
軟件專利則必須向專利局提出申請才能獲得保護，因此必須要積極申請，且專利制度也是以“用公開換保護”為原則。
三、兩者保護的客體不同
軟件著作權申請提交的資料是源代碼及用戶操作手冊，所以軟件著作權保護的是表現形式，不保護思想。
這樣就有可能出現競爭對手將你的軟件進行研究，然后改變編程語言，達到的結果是一樣的，但由于代碼不相同，所以不侵犯著作權。
軟件專利則不同，在申請時描述的是軟件的設計構思（注意一定要以技術方案的形式表現，或者最好能夠結合硬件來表現），包含了軟件流程圖的內容，而不是主要說明采用哪種程序語言實現。一旦獲權后，他人只要采用了軟件專利的設計構思或方案，就可能構成侵權。
四、兩者的申請通過率不同
軟件著作權實行的是登記制，一般不需要經過實質審查，只要形式審查時提交的材料符合要求，并且不違反《著作權法》的規定即可獲權，登記通過率極高。
軟件專利需要經過形式審查和實際審查。
形式審查主要是審核專利材料是否符合申請要求，形式審查通過后就會公開，再進入實質審查，審核該專利是否符合《專利法》的要求，并且要滿足新穎性，創造性，實用性等諸多要求。
一般純軟件型的專利不易獲權，通過軟硬件結合的方式會提高其授權率，但總得來說通過率依然不高。
五、兩者保護期限和維護費用不同
軟件著作權根據其法律規定的相關著作權保護期為作者有生之年加死亡后50年；法人及其它組織的作品，其法律規定的相關著作權的保護期為50年。費用方面只會繳納前期的申請費，后續不會有維護的費用。
一般來說軟件專利只能申請發明專利，保護期限從申請日起算20年。并且發明專利每年都需要繳納年費，過期不繳納即視為放棄專利權。
六、兩者優缺點不同
軟件著作權可以不用公開就受到保護，并且能夠讓創作者快速地獲得著作權保護，普通登記一般4個月左右授權，采用加急申請軟件著作權最快能一個工作日授權。能夠讓著作權人快速搶占市場，拿到政府相應的資助。但是軟件的進步相應來說是較快的，所以在申請的過程中的有可能就錯過了軟件市場。
軟件專利必須以公開換保護，發明專利申請時間是1~2年，一般不能采取加急形式。但是專利保護的是設計構思和方案，所以保護的力度更強，并且專利還可以提出一些現在不能實現的專利，等到技術發展了能夠實現該專利了，再以許可的方式去獲得收益，很多大公司的專利儲備就是按照這種方式來的。